Legandarny team – Michelangelo, Donatello, Raphael i Leonardo – powracają na ekrany kin, by ponownie stawić czoła złoczyńcom – jeszcze bardziej złym, jeszcze bardziej przebiegłym i bezwzględnym. U ich boku ponownie stanie piękna April O’Neal (Megan Fox), Vern Fenwick (Will Arnett) oraz nowy bohater serii – Casey Jones (Stephen Amell)
Po tym, kiedy superzłoczyńcy Shredderowi ponownie udało się uciec sprawiedliwości, łączy siły z szalonym naukowcem Baxterem Stockmanem (Tyler Perry) i jego dwoma sprzymierzeńcami – Bebopem (Gary Anthony Williams) i Rocksteadym (Stephen „Sheamus” Farrelly). Wspólnie spróbują wcielić w życie diaboliczny plan przejęcia władzy nad światem. Kiedy Żółwie przygotowują się do pokrzyżowania planów Shreddera, okazuje się, że muszą stawić czoła złu, o jakim nie miały pojęcia. Tajemniczemu Krangowi, postaci z innego wymiaru...